En 1179, Henri XII le Lion, duc de Bavière depuis 1156, fut mis au ban de l'Empire pour manquement à ses obligations de vassal envers l'Empereur Frédéric Barberousse, qui faisait campagne en Italie. Convoqué par trois fois devant la Diète, Henri le Lion refusa de s'y rendre. En 1180, la Bavière fut inféodée à Otton VIII de Scheyern, comte de Wittelsbach. C'est le début du règne de la maison des Wittelsbach sur la Bavière, qui durera jusqu'en 1918 (soit 738 ans). Au cours de son histoire, la Bavière a connu différents morcellements jusqu'à sa réunification définitive en 1505.
Otton VIII de Scheyern descend du premier comte de Scheyern connu, Otton Ier, qui vécut au XIè siècle. Le descendant de ce dernier, Otton V de Scheyern (1083-1156), devient comte palatin de Bavière, sur décision de l'empereur Henri V. Son fils est Otton VIII de Scheyern, mentionné ci-dessus, également connu sous le nom d'Otton Ier de Bavière (1117-1183).
1180-1183 : Otton Ier de Bavière
1183-1231 : Louis Ier de Bavière, connu également sous le nom de Louis Ier de Kelheim (car assassiné sur le pont de Kelheim)
1231-1253 : Otton II l'Illustre
Après la mort d'Otton II, la Bavière fut scindée en deux : d'une part, la Haute-Bavière et le Palatinat rhénan (qui reviennent à Louis II le Sévère) jusqu'à l'élection impériale de 1314, d'autre part, la Basse-Bavière, qui revient au second fils d'Otton II, Henri Ier. A la mort de Jean Ier en 1340, descendant d'Henri Ier, l'héritage de la Basse-Bavière passa à la branche des Wittelsbach qui règne sur la Haute-Bavière. C'est alors que Louis IV devint duc de Bavière réunifiée.
1253-1294 : Louis II le Sévère
1294-1340 : Louis IV (co-régnant avec son frère Rodolphe Ier jusqu'en 1317), également roi de Germanie de 1314 à 1347
1253-1290 : Henri Ier
1290-1312 : Otto III
1290-1296 : Louis III (avec Otto III et Etienne Ier)
1290-1310 : Etienne Ier (avec Otto III et Louis III)
1310-1339 : Henri II (avec Otto IV)
1310-1334 : Otto IV (avec Henri II)
1312-1333 : Henri III
1339-1340 : Jean Ier
1340-1347 : Louis IV
1347-1349 : Louis V, Etienne II, Louis VI, Guillaume Ier, Albert Ier, Otto V
A la mort de Louis IV, la Bavière est morcelée. En effet, Louis IV avait recommandé à ses fils de régner ensemble pendant 20 ans, mais en 1349, sa veuve Marguerite de Hollande procéda au partage de l'héritage. A la mort de Meinhard, la Haute-Bavière revient à Etienne II.
1349-1361 : Louis V le Brandebourgeois, également comte du Tyrol et électeur de Brandebourg de 1347 à 1351, fils de Louis IV
1349-1351 : Louis VI le Romain, électeur de Brandebourg de 1351 à 1365, fils de Louis IV
1349-1351 : Otto V le Paresseux, électeur de Brandebourg de 1365 à 1373, fils de Louis IV
1361-1363 : Meinhard, également compte du Tyrol et fils de Louis V
1349-1375 : Etienne II à l'agrafe
1375-1392 : Etienne III, Frédéric et Jean II, tous les trois fils d'Etienne II
1349-1388 : Guillaume Ier
1349-1404 : Albert Ier et Albert II (ce dernier, fils d'Albert Ier, règne jusqu'à sa mort en 1397)
1404-1417 : Guillaume II, fils d'Albert Ier
1417-1425 : Jean III, fils d'Albert Ier, également prince-évêque de Liège de 1390 à 1418
En 1392, la Bavière fut de nouveau partagée en 3 duchés : Bavière-Ingolstadt, Bavière-Landshut et Bavière-Munich.
1392-1413 : Etienne III
1413-1447 : Louis VII le Barbu, fils d'Etienne III
1438-1445 : Louis VIII le Bossu, fils de Louis VII
A la mort de Louis VII, la branche Bavière-Ingolstadt disparaît et l'héritage est transmis à Henri XVI le Riche, duc de Bavière-Landshut.
1392-1393 : Frédéric
1393-1450 : Henri XVI le Riche
1450-1479 : Louis IX le Riche
1479-1503 : Georges le Riche
1392-1397 : Jean II, fils d'Etienne II
1397-1438 : Ernest, fils de Jean II
1397-1435 : Guillaume III, fils de Jean II
1435-1441 : Adolf, fils de Guillaume III
1438-1460 : Albert III, fils d'Ernest
1460-1463 : Jean IV, fils d'Albert III
1460-1467 : Sigismond
1465-1505 : Albert IV. A partir de 1505 et jusqu'en 1508, Albert IV est duc de Bavière réunifiée
La mort de Georges le Riche marqua le début de la guerre de succession de Landshut (1503-1505). En effet, selon le pacte de la famille Wittelsbach, l'absence de descendant masculin marquait l'extinction de la maison Bavière-Landshut. Cependant, Georges le Riche avait voulu faire de sa fille Elisabeth (née de son union avec Hedwige Jagellon, fille du roi de Pologne) son héritière. A l'issu de cette guerre et après décision de l'empereur Maximilien, Albert IV, duc de Bavière-Munich hérita du duché de Bavière-Landshut : la Bavière est ainsi réunifiée.
1505-1508 : Albert IV
1508-1550 : Guillaume IV, fils d'Albert IV
1514-1545 : Louis X, qui règne avec Guillaume IV, son frère
1550-1579 : Albert V le Magnifique, fils de Guillaume IV
1579-1597 : Guillaume V, fils d'Albert V le Magnifique
1597-1623 : Maximilien Ier
En 1623, lorsque Maximilien Ier reçoit de l'empereur Ferdinand II la dignité de prince-électeur, le duché de Bavière devient l'électorat de Bavière. L'électorat disparu en 1806, lorsque la Bavière devint un royaume.
1623-1651 : Maximilien Ier
1651-1679 : Ferdinand Marie, fils de Maximilien Ier
1679-1726 : Maximilien II Emmanuel, fils de Ferdinand Marie
1726-1745 : Charles Ier Albert, empereur du Saint-Empire romain germanique de 1742 à 1745 sous le nom de Charles VII
1745-1777 : Maximilien III Joseph, fils de Charles Ier. Sa mort sans héritier signe la disparition de la branche cadette de la maison des Wittelsbach qui descend de Louis IV. Après la guerre de succession de Bavière qui dura moins d'un an, c'est finalement un descend de Rodolphe Ier (frère aîné de Louis IV) qui lui succède.
1777-1799 : Charles II Théodore
1799-1806 : Maximilien IV Joseph, cousin de Charles-Théodore. En 1806, la Bavière devient un royaume. Le nom de règne de Maximilien devient Maximilien Ier.
1806-1825 : Maximilien Ier
1825-1848 : Louis Ier, fils de Maximilien Ier. Il démissionna en 1848 pour apaiser le peuple bavarois choqué par l'affaire Lola Montez.
1848-1864 : Maximilien II Joseph, fils de Louis Ier
1864-1886 : Louis II, fils de Maximilien II, le fameux roi-bâtisseur de nombreux châteaux en Bavière. Sa biographie est disponible ici.
1886-1913 : Otto Ier, fils de Maximilien II. Il est déclaré fou en 1872 : c'est la raison pour laquelle la régence de son oncle Luitpold fut mise en place (1886-1912). A la mort de ce dernier, son fils Luitpold devient à son tour régent. En 1913, Otto Ier abdique et le régent devient roi.
1913-1918 : Louis III
A l'issue de la défaite allemande lors de la Première Guerre mondiale, la République des conseils de Bavière est proclamée. C'est la fin du règne des Wittelsbach, qui dura 738 ans. François de Bavière, né en 1933, est actuellement le chef de la maison de Bavière. La Bavière est aujourd'hui l'un des länder les plus dynamiques d'Allemagne, où la tradition et la religion catholique tiennent à coeur aux Bavarois.
La célèbre fête de la bière, appelée Oktober fest, qui se déroule chaque année en Bavière sur le Theresienwiese, a pour origine le mariage de Louis Ier de Bavière avec Thérèse de Saxe-Hildburghausen, célébré le 12 octobre 1810.
Les Noces de Landshut, célébrées en 1475 entre le duc de Bavière-Landshut Georges le Riche et Hedwige Jagellon, sont commémorées tous les quatre ans à Landshut.